Boa parte dos error "500 - Internal Server Error" são causados por próprias falhas de permissões de diretório ou arquivo, e nem sempre no servidor.
Sistemas como SuPHP verificam antes de executar um script sua permissão, usuário e grupo, ou seja, em caso de permissões incorretas seu site pode retornar um erro "500 - Internal Server Error". As opções abaixo irão ensiná-lo a resetar suas permissões para os valores corretos.
Para corrigir as permissões de todas as contas em seu servidor, utilize o comando abaixo:
find /home/*/public_html -type d -exec chmod 755 {} ;
find /home/*/public_html -type f -exec chmod 644 {} ;
A primeira linha irá corrigir as permissões dos diretórios para "755", e a segunda linha irá corrigir as permissões de todos os arquivos para "644".
Outra opção muito útil e que funciona com perfeição para servidores cPanel e Plesk é a ferramenta "Auto fix for file permissions and ownership". É consideravelmente mais segura e também mais simples, apenas execute o comando abaixo:
wget boomshadow.net/tools-utils/fixperms.sh
sh ./fixperms.sh-all